با عنایت به انتشار گسترده کتابهای «دکتر سها» در جوامع و ضرورت پاسخگویی به شبهات مطرح شده در این کتابها، پایاننامههایی برای بررسی و پاسخ شبهات این کتابها به نگارش در آمده و مورد دفاع قرار گرفته که مهمترین آنها عبارت است از:
1ـ «بررسی شبهات ناظر به انتساب صفت ظلم به خداوند در قرآن کریم» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده تفسیر و معارف قرآن کریم در شهر مقدس قم از سوی «خانم سمانه تمیزی» که در سال 1394 شمسی شروع شده و در آذر سال 1395 شمسی، دفاع شده است.
2ـ «بررسی شبهات موهم نظام طبقاتی قرآن» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده تفسیر و معارف قرآن در شهر قم که از سوی «خانم مینا موسوی» در سال 1394 شمسی شروع شد و در دی ماه سال 1395 شمسی، مورد دفاع قرار گرفت.
3ـ «نقد شبهات ناظر به برخی اشکالات ادبی در قرآن (بر اساس کتاب "دکتر سها")» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده علوم و فنون قرائت قرآن (دانشگاه علوم و معارف قرآن کریم) در شهر تهران که از سوی «خانم صدیقه فرهادیان» در سال 1394 شمسی شروع شد و در 27 اردی بهشت سال 1396 شمسی، مورد دفاع قرار گرفت.
4ـ «نقد شبهات ناظر به آموزههای سیاسی و حکومتی قرآن و سنت پیامبر اکرم (صلی الله علیه و آله)» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده تفسیر و معارف قرآن در شهر قم که از سوی خانم «زینب عباسزاده» در سال 1394 شمسی شروع شده و در سوم اسفند سال 1395 شمسی، دفاع شده است.
5ـ «پاسخ به شبهات خشونتطلبی پیامبر اکرم (صلی الله علیه و آله) در قرآن کریم» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده تفسیر و معارف قرآن در شهر مقدس قم که از سوی «خانم آرزو خواجه» در سال 1394 شمسی شروع شده و در دوم اسفند سال 1395 شمسی، دفاع شده است.
6ـ «پاسخ به شبهات مربوط به پیشرفت و آزادی در قرآن» در مقطع دکترای تخصصی از دانشکده اصول دین در شهر مقدس قم که از جانب «آقای ایرج محبوبی» در مهر ماه سال 1394 شمسی، شروع شده و در 23 شهریور ماه سال 1396 شمسی، دفاع شده است.
7ـ «اخلاق اجتماعی در قرآن با محوریت نقد قرآن دکتر سها» در مقطع کارشناسی ارشد دانشکده علوم قرآنی اصفهان که توسط «خانم صدیقه صابری» از سال 1395 شمسی، شروع شده و در 25 دی سال 1396 شمسی، مورد دفاع قرار گرفته است.
8ـ «نقد و بررسی شبهات پیرامون عدالت، آزادی و پیشرفت در آیات قرآن» که از سوی «آقای محمد اسماعیل ابراهیمی فرد» در مقطع سطح سه از حوزه علمیه در شهر مقدس قم در اسفند ماه سال 1395 شمسی، شروع شده و در 12 بهمن ماه سال 1396 شمسی، دفاع شده است.
9ـ «نقد شبهات ناظر به انتساب اضلال به خداوند با تأکید بر شبهات دکتر سها» که توسط «خانم لیلا نادری» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده تفسیر و معارف قرآن در شهر مقدس قم، از اسفند سال 1395 شمسی، شروع شده و در 20 اسفند سال 1396 شمسی، دفاع شده است.
10ـ «نقض شبهات اتهام اخلاق طبقاتی در قرآن» که از سوی «آقای سید مهدی جلیل پور» در مقطع دکترای تخصصی از دانشکده اصول دین در شهر قم، در سال 1395 شمسی، شروع به نگارش شده و در 15 اسفند سال 1396 شمسی، دفاع شده است.
11ـ «بررسی شبهات ناظر به احکام قضایی قرآن با تأکید بر کتاب نقد قرآن» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده تفسیر و معارف قرآن در شهر قم که از سوی «خانم الهام اسلامی» از سال 1396 شمسی، شروع به نگارش شده و در 21 اسفند سال 1396 شمسی، دفاع شده است.
12ـ «روشهای هدایت قرآن با تأکید بر نقد قرآن» در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده اصول دین در شهر تهران که از سوی «خانم صدیقه قمی تفرشی» در سال 1395 شمسی، آغاز شده و در روز چهارشنبه، پنجم اردیبهشت سال 1397 شمسی، با امتیاز 19 دفاع شده است.
13ـ «کرامت زن در قرآن با تأکید بر پاسخ به شبهات کتاب نقد قرآن» در رشته تفسیر و علوم قرآن در مقطع سطح سه از جامعة الزهراء (علیها السلام) در شهر قم، از سوی «خانم ثریا شاعیدی» که از سال 1395 شمسی شروع شده و در روز پنج شنبه هفتم تیر سال 1397 شمسی، در ساعت 8 صبح، مورد دفاع قرار گرفته است.
14ـ «نقد شبهات معاصر در مورد علوم طبیعی در قرآن (بررسی فصل دوم کتاب نقد قرآن "دکتر سها")» در مقطع سطح چهار حوزه علمیه در شهر مقدس قم، از سوی «آقای یوسف جمالی» که از ماه بهمن سال 1393 شمسی شروع شده و در 16 تیر سال 1397 شمسی، دفاع شده است.
15ـ «بررسی نسخ آیات قرآن با محوریت شبهات کتاب نقد قرآن دکتر سها» که توسط «خانم مینا امامی» از 27 فروردین سال 1397 شمسی، در مقطع کارشناسی ارشد از دانشکده علوم قرآنی دولتآباد اصفهان شروع شده و در 30 مهر سال 1397 شمسی، دفاع شده است.
16ـ «مقام و منزلت انسان در قرآن با تأکید بر نقد شبهات جدید (بررسی فصل نهم کتاب نقد قرآن)» در مقطع دکترای تخصصی از دانشکده اصول دین، شعبه تهران، از سوی «خانم اکرم منتظری» که از پاییز سال 1394 شمسی شروع شده و در 20 اسفند سال 1397 شمسی با نمره 19 دفاع شده است.
17ـ «زهد پیامبراکرم (صلی الله علیه و آله) با تأکید بر نقد شبهات تأمین جنسی (بررسی فصل هفتم کتاب نقد قرآن "دکتر سها")» در مقطع دکترا از دانشگاه معارف اسلامی در شهر قم از سوی «آقای اباذر جعفری» که از بهار 1394 شمسی شروع شده و در روز شنبه: هفتم مهر سال 1397 شمسی دفاع شده است.
18ـ «بررسی و پاسخ به شبهات تعارض در آیات قرآن (در خصوص آیات مربوط به خداشناسی)» در مقطع سطح سه از مؤسسه آموزش تخصصی علم کلام در شهر قم که توسط «آقای قاسم محبی» در ماه مهر سال 1395 شمسی شروع به نگارش شده و در اسفند سال 1397 شمسی دفاع شده است.
19ـ «مبانی قرآنی عدل الهی و پاسخ به شبهات کتاب نقد قرآن» که توسط «خانم سمیه قاسمی» در مقطع سطح سه در جامعة الزهراء (ع) در 21 تیر 1397 شمسی دفاع شده است.
20ـ «بررسی عذاب اخروی در قرآن با تأکید بر پاسخ به شبهات کتاب نقد قرآن دکتر سها» که نگارش آن توسط «آقای امیر یوسفی باصری» در مقطع سطح سه در حوزه علمیه قم از دی ماه سال 1397 شمسی شروع شده و در روز شنبه مورخ چهارم تیر ماه سال 1399 شمسی ساعت 19 عصر دفاع شده است.
21ـ «بررسی شبهات مرتبط با دنیا در قرآن با تأکید بر کتاب نقد قرآن دکتر سها» که از سوی «آقای کیوان احمدی» در آبان سال 1397 شمسی در مقطع سطح سه از حوزه علمیه در شهر قم شروع شده و در روز پنجشنبه: 23/5/1399 شمسی ساعت 17 و 30 دقیقه با نمره 19 دفاع شده است.
22ـ «بررسی شبهات مرتبط با پیشرفت در قرآن با تأکید بر شبهات کتاب نقد قرآن دکتر سها» که توسط «آقای سجاد احمدی» در آبان سال 1397 شمسی در مقطع سطح سه از حوزه علمیه در شهر قم شروع شده و در روز پنجشنبه: 23/5/1399 شمسی ساعت 19 با نمره 19 دفاع شده است.
23ـ «بررسی شبهات مرتبط با تأمین مالی حضرت محمد (صلی الله علیه و آله) در قرآن با تأکید بر کتابهای "دکتر سها"» در مقطع سطح سه حوزه علمیه در شهر قم که از ماه آذر سال 1396 شمسی از سوی «سید میر شمس الله سید رضایی» شروع به نگارش شده و در روز یکشنبه 30 شهریور سال 1399 شمسی دفاع شده است.
و ...